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Text File  |  1995-07-26  |  3KB  |  72 lines
  1. ********************************
  2. * AAA-protein family signature *
  3. ********************************
  4.  
  5. The following proteins have been found [1 to 4] to be evolutionary related:
  6.  
  7.  - Yeast    SEC18  protein  and  its  mammalian homolog NSF (N-ethylmaleimide-
  8.    sensitive fusion protein).  These  proteins  are  involved in intracellular
  9.    transport between the  endoplasmic reticulum  and Golgi, as well as between
  10.    different Golgi cisternae.
  11.  - Escherichia  coli  ftsH  protein  which may be involved in the localization
  12.    processes of some envelope proteins such as PBP3.
  13.  - Vertebrate protein p97 or VCP (valosin containing protein). The function of
  14.    p97 is not known  but it  shows  ATPase  activity  and  forms a ring-shaped
  15.    homooligomer composed of six subunits.
  16.  - Yeast cell cycle  protein CDC48,  which  may  have  a role  in spindle pole
  17.    proliferation. CDC48 is probably the yeast homolog of p97/VCP.
  18.  - Yeast protein BCS1, a mitochondrial protein essential for the expression of
  19.    the Rieske iron-sulfur protein [5].
  20.  - Yeast  protein  PAS1,  essential  for  peroxisome  assembly and the related
  21.    proteins PAS5 from Pichia pastoris and PAY4 from Yarrowia lipolytica.
  22.  - Yeast protein SUG1 (or CIM3 or TBY1).
  23.  - Yeast protein YTA3 (or CIM5).
  24.  - Yeast protein AFG1.
  25.  - Yeast protein AFG2.
  26.  - Yeast protein YME1, a protein  important  for  maintaining the integrity of
  27.    the mitochondrial compartment.
  28.  - Mammalian  protein  TBP-1,  which  influences   HIV   gene   expression  by
  29.    interacting with the virus tat transactivator protein.
  30.  - Mammalian  protein  MSS1,  which  also  has a role in the activation of HIV
  31.    genes regulated by tat.
  32.  - Mammalian 26S protease subunit 4 [6].
  33.  
  34. These proteins share a conserved region of about 200 amino acids that contains
  35. an ATP-binding site.  Two  copies  of  this domain  are found in some of these
  36. proteins (CDC48, PAS1, PAS5, PAY4, SEC18, AFG2 and p97).  It has been proposed
  37. [4] to  call  this  family  AAA,  for ATPases Associated with diverse cellular
  38. Activities.
  39.  
  40. In addition to the ATP-binding 'A' and 'B' motifs, which  are  located  in the
  41. N-terminal half of this domain,  there is a highly conserved region located in
  42. the central  part  of  the  domain  which  we have used to develop a signature
  43. pattern.
  44.  
  45. -Consensus pattern: [AGMF]-x-T-x-[RHF]-x-[DENS]-x-[LIVM]-D-x-A-[LIVM]-x-R-x-G-
  46.                     R-[LIVMFY]-[DE]
  47. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  48.  for AFG1.
  49. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  50.  
  51. -Note: this pattern will  only  detect  the  first domain of SEC18/NSF and the
  52.  second domain  of PAS1/PAS5/PAY4. The other domain in  these proteins is much
  53.  less conserved outside of the ATP-binding region.
  54.  
  55. -Last update: June 1994 / Pattern and text revised.
  56.  
  57. [ 1] Froehlich K.-U., Fries H.W., Ruediger M., Erdmann R., Botstein D.,
  58.      Mecke D.
  59.      J. Cell Biol. 114:443-453(1991).
  60. [ 2] Erdmann R., Wiebel F.F., Flessau A., Rytka J., Beyer A., Froehlich K.-U.,
  61.      Kunau W.-H.
  62.      Cell 64:499-510(1991).
  63. [ 3] Peters J.-M., Walsh M.J., Franke W.W.
  64.      EMBO J. 9:1757-1767(1990).
  65. [ 4] Kunau W.-H., Beyer A., Goette K., Marzioch M., Saidowsky J.,
  66.      Skaletz-Rorowski A., Wiebel F.F.
  67.      Biochimie 75:209-224(1993).
  68. [ 5] Nobrega F.G., Nobrega M.P., Tzagoloff A.
  69.      EMBO J. 11:3821-3829(1992).
  70. [ 6] Dubiel W., Ferrell K., Pratt G., Rechsteiner M.C.
  71.      J. Biol. Chem. 267:22699-22702(1992).
  72.